حددت الحكومة مصادر تمويل الهيئات الثلاث المعتمدة، ضمن قانون التأمين الصحى الشامل، وتضمنت اشتراكات المؤمن عليهم، والتزامات أصحاب العمل وإيرادات الشركات ورسوم على عدد من السلع والخدمات.
وتضمنت مصادر تمويل الهيئة العامة للتأمين الصحى الاجتماعى الشامل من اشتراكات المؤمن عليهم الخاضعين للقانون، وفقاً لنسب مختلفة والاشتراكات التى يلتزم بسدادها رب الأسرة عن الزوجة غير العاملة أو التى ليس لها دخل ثابت ومن يعيش فى كنفه من الأبناء والمعالين.
كما يلتزم أصحاب الأعمال المحددون بقوانين التأمينات الاجتماعية بأداء حصتهم عن اشتراكات العاملين لديهم بنسبة 4% شهرياً من أجر الاشتراك للعامل المؤمن عليه، وبما لا يقل عن خمسين جنيهاً شهرياً، نظير خدمات تأمين المرض والعلاج وإصابات العمل. بجانب المبالغ التى يؤديها المؤمن عليه عند تلقى الخدمة والعائد الناتج من استثمار الأموال والاحتياطيات المتاحة لدى الهيئة، وفقاً للاستراتيجية الاستثمارية التى تحدد قواعدها اللائحة التنفيذية للقانون.
وتضمنت مصادر التمويل التزامات الخزانة العامة عن غير القادرين ومقابل الخدمات الأخرى التى تقدمها الهيئة والمنح الخارجية والداخلية والقروض التى تعقدها الحكومة لصالح الهيئة والهبات والإعانات والتبرعات والوصايا التى يقبلها مجلس إدارة الهيئة.
ونص القانون على مصادر أخرى للتمويل منها 75 قرشاً من قيمة كل علبة سجائر مباعة بالسوق المحلى، سواء كانت محلية أو أجنبية الإنتاج، على أن تتم زيادتها كل ثلاث سنوات بقيمة خمسة وعشرين قرشاً أخرى، حتى تصل إلى جنيه ونصف الجنيه. بجانب%10 من قيمة كل وحدة مباعة من مشتقات التبغ غير السجائر وجنيه واحد يحصل عند مرور كل مركبة على الطرق السريعة التى تخضع لنظام تحصيل الرسوم و20 جنيهاً عن كل عام عند استخراج أو تجديد رخصة القيادة و50 جنيهاً سنوياً عند استخراج أو تجديد رخصة تسيير السيارات التى سعتها اللترية أقل من 1.6 لتر.
بالإضافة إلى 150 جنيهاً عن كل عام عند استخراج أو تجديد رخصة تسيير السيارات التى تزيد سعتها اللترية على 1.6 وأقل من 2 لتر و300 جنيه عن كل عام عند استخراج أو تجديد رخصة تسيير السيارات التى سعتها اللترية 2 لتر أو أكثر. ومبلغ يتراوح من 1000 إلى 15 ألف جنيه عند التعاقد مع النظام بالنسبة للعيادات الطبية ومراكز العلاج والصيدليات وشركات الأدوية، و1000 جنيه عن كل سرير عند استخراج تراخيص المستشفيات والمراكز الطبية، بجانب 0.2.5% من الشركات الشركات والمنشآت الفردية والهيئات العامة الاقتصادية والمهنيين و50% من قيمة الإيرادات المحصلة عن لوائح تنمية الموارد الذاتية لتحسين كفاءة المستشفيات، كما سيتم إصدار طابع دمغة بفئة خمسة جنيهات باسم النظام.
ونص القانون على التزام عدد من الجهات التالية بسداد مستحقات الهيئة فى المواعيد المحددة؛ حيث يلتزم صاحب العمل بسداد الاشتراكات المستحقة شهرياً للهيئة القومية للتأمين الاجتماعى.
وتلتزم الهيئة القومية للتأمين الاجتماعى باستقطاع قيمة اشتراك التأمين الصحى الاجتماعى الشامل من صاحب المعاش والمستحقين عند استحقاق المعاش الشهرى وتوريدها شهرياً للهيئة.
كما تلتزم الهيئة القومية للتأمين الاجتماعى بسداد قيمة اشتراك التأمين الصحى الشامل عن المتعطلين عن العمل المستحقين لتعويض بطالة وتحصيل اشتراكات التأمين الصحى المستحقة من الجهات المختلفة الخاضعة لقوانين التأمينات الاجتماعية.
ويلتزم العامل لدى نفسه والمهنى والحرفى من غير ذوى المرتبات المنتظمة ورب الأسرة غير الخاضع لقوانين التأمين الاجتماعى بسداد اشتراكه واشتراك زوجته غير العاملة أو التى ليس لها دخل ثابت ومن يعيش فى كنفه من الأبناء والمعالين على دفعات نصف سنوية للهيئة، وفى حالة وفاة رب الأسرة يلتزم صاحب الولاية بسداد الاشتراكات من أموال الصغير ما لم يكن داخلاً ضمن الفئات غير القادرة.
كما تلتزم الجمعيات الزراعية بتحصيل اشتراكات التأمين الصحى الاجتماعى الشامل من المؤمن عليهم العاملين بالزراعة ومن يعولونهم على دفعات ربع سنوية وتقوم بتوريدها للهيئة.
وحدد القانون مصادر تمويل الهيئة العامة للرعاية الصحية والتى تتوزع على مقابل الخدمات التى تقدمها هيئة الرعاية، وفقاً لقائمة أسعار الخدمات التى تقرها الهيئة وأى إيرادات ومقابل أى خدمات طبية إضافية أو أى خدمات غير طبية تقدمها الهيئة. بالإضافة إلى القروض التى تعقدها الدولة لصالح هيئة الرعاية والهبات والمنح والإعانات والتبرعات والوصايا التى يقبلها مجلس إدارة الهيئة وعائد استثمار أموالها وما تخصصه الدولة أو أى جهة أخرى من أموال وأصول لدعم الهيئة.
وتضمنت مصادر تمويل الهيئة العامة للاعتماد والرقابة الصحية من مقابل الخدمات التى تقدمها الهيئة والقروض التى تعقدها الدولة لصالحها وعائد استثمار أموالها وما تخصصه الدولة للهيئة من أموال وأصول وأى إيرادات أخرى يقرها مجلس إدارتها تتعلق بنشاط الهيئة والمنح التى يوافق عليها مجلس الإدارة.